Das Weltmuseum Wien zählt mit seinen Sammlungen von ethnographischen Objekten, historischen Fotografien und Büchern zu außereuropäischen Kulturen zu den bedeutendsten Museen seiner Art weltweit. Ethnographika der Ambraser Sammlung von Erzherzog Ferdinand II. bildeten gemeinsam mit den 1806 durch Leopold Fichtel auf einer Auktion in London erworbenen rund 250 Objekten von den Reisen James Cooks den Grundstock der im selben Jahr im kaiserlichen Hofnaturalienkabinett eingerichteten k. k. Ethnographischen Sammlung – aus der das heutige Weltmuseum Wien hervorgehen sollte. Weitere Zugänge im Laufe des 19. Jahrhunderts stammten von der österreichischen Brasilien-Expedition (1817–1836) und der Weltumsegelung der österreichischen Fregatte "Novara" (1857–1859). Von 1882 an verwaltete die von Franz Heger geleitete Anthropologisch-Ethnographische Abteilung des Naturhistorischen Museums (NHM) die stark angewachsenen Bestände, die durch Hegers Sammeltätigkeit, Erwerbungen von ForscherInnen und Reisenden und die Fahrten der österreichisch-ungarischen Kriegsmarine weitere Neuzugänge erfuhren. Die 14.000 Ethnographika und mehr als 1.100 Fotografien umfassende Sammlung, die der Thronfolger Franz Ferdinand von Österreich-Este im Zuge seiner Weltreise 1892/93 zusammengetragen hatte, war seit 1912 im neu erbauten Corps de Logis der Neuen Burg in der Wiener Innenstadt aufgestellt gewesen. Nach dem Ende des Ersten Weltkriegs erfolgte ihre Angliederung an die Ethnographische Abteilung des NHM, 1928 dann die Herauslösung dieser Abteilung aus dem Verband des NHM und die Gründung eines eigenständigen Museums für Völkerkunde (MVK), das administrativ aber weiterhin dem NHM unterstellt und räumlich in der Neuen Burg angesiedelt blieb.  

Ab 1933 fungierte Hermann Michel als Erster Direktor des NHM. Nach seiner Absetzung wenige Tage nach dem "Anschluss" Österreichs an das nationalsozialistische Deutsche Reich übernahm der Hydrobiologe Otto Pesta interimistisch sein Amt, im Juni 1939 löste der Ornithologe Hans Kummerlöwe aus Dresden, ein überzeugter Nationalsozialist, Pesta ab. Kummerlöwe war zunächst kommissarischer Leiter und ab August 1940 Erster Direktor des NHM einschließlich des MVK. Der aus Tirol stammende Friedrich Röck, der 1925 zum Leiter der Ethnographischen Abteilung des NHM bestellt worden war, hatte die Direktion des neugegründeten MVK 1928 übernommen und sollte diese Position bis 1945 innehaben. Der Altorientalist und Altamerikanist war von 1938 an Anwärter der NSDAP, sollte aber erst im Jänner 1945 offiziell als Mitglied anerkannt werden. Die im NHM bestehende "NS-Zelle" betrieb 1938 vergeblich die Ablöse Röcks und dessen Ersetzung durch den prominenten Ethnologen, Forschungsreisenden und Universitätsdozenten Hugo A. Bernatzik, einen Vertreter einer angewandten Kolonialethnologie mit besten Verbindungen zur NS-Bürokratie. Röck konnte sich auch gegen die 1942 geplante Einrichtung eines Lazaretts für verwundete Frontkämpfer in den Räumlichkeiten des Museums erfolgreich zur Wehr setzen. Zum Zeitpunkt des "Anschlusses" arbeiteten am MVK drei Präparatoren und der Bildhauer Hans Fürst, unter den WissenschaftlerInnen des Hauses hatten nur die Kustoden Robert Bleichsteiner und Dominik J. Wölfel Beamtenstatus. Im November 1938 stellte das Haus die studierte Ethnologin und Afrikanistin Etta Donner, die dem MVK ihre Liberiasammlung verkauft hatte, als wissenschaftliche Hilfskraft ein. Sie übernahm bis 1945 die Verantwortung für den Afrikabereich und wirkte bis 1943 an kolonialpolitischen Aktivitäten mit. 1939 folgte als weitere wissenschaftliche Mitarbeiterin Maria (Ria) Horsky, die Völkerkunde studierte und 1941 promovieren sollte, und für Indonesien sowie für die Photothek zuständig war. Im selben Jahr wurde Wölfel frühzeitig in den Ruhestand entlassen. Der Spezialist für die Kulturgeschichte und die Sprache der kanarischen Inseln, der den Begriff "Weißafrika" prägte, war ein glühender Anhänger des Franco-Regimes in Spanien und des katholischen Faschismus, doch seine Frau galt nach den NS-Rassegesetzen als "Mischling". Wölfels Suspendierung ermöglichte es dem Afrikafachmann Walter Hirschberg, der bereits seit 1938 als wissenschaftliche Hilfskraft am MVK tätig war, zum Kustos aufzusteigen und den Beamtenstatus zu erlangen. Hirschberg, der sich 1939 habilitiert hatte, war 1933 der NSDAP beigetreten, 1934 zur Vaterländischen Front (VF) gewechselt und ab 1938 wieder Anwärter der NSDAP, ab 1940 gehörte er dem NS-Dozentenbund an. Der Orientalist und Völkerkundler Robert Bleichsteiner, der seit 1926 wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Ethnographischen Abteilung des NHM gewesen war und maßgeblichen Anteil an der Gründung des MVK gehabt hatte, galt als anerkannter Fachmann auf dem Gebiet der Kaukasusforschung. Er war vor dem "Anschluss" Mitglied der VF gewesen, hatte aber auch Sympathien für die Sowjetunion gezeigt. Als dienstältester Kurator nahm Bleichsteiner, der kein NSDAP-Mitglied war, die Stellung des stellvertretenden Direktors ein. Ende August 1939 wurde unter seiner Leitung mit der Bergung des Museumsguts begonnen. Von 1939 und bis weit in das Jahr 1944 hinein zeigte das MVK ungeachtet der Kriegssituation zahlreiche Ausstellungen, wobei Röck die Bedeutung der Völkerkunde als "wichtige Hilfswissenschaft auch für das Verständnis des eigenen Volkstums" unterstrich. 1939 war im Museum die Schau Hakenkreuz in Ostasien zu sehen, 1941 stellte es Räumlichkeiten für die von der Reichsleitung der NSDAP, Dienststelle Rosenberg, ausgerichtete Ausstellung Frau und Mutter, Lebensquell des Volkes, zur Verfügung. Mehrere Ausstellungen, die zum größten Teil auf Leihgaben von Anton Exner und Walter Exner basierten, befassten sich mit der Kunst Ostasiens. Als Ersatz für die zur Wehrmacht eingezogenen Mitarbeiter beschäftigte Röck von 1941 bis 1943 den in Indonesien geborenen Niederländer Frederic Martin Schnitger, der auf umfangreiche Forschungen zu Indonesien verweisen konnte und 1944 im KZ Mauthausen ermordet werden sollte. 1941 stellte er den Koreaner Han Hung-Su ein.

Nachdem Röck am 5. Juni 1945 all seiner Ämter enthoben worden war, übernahm Bleichsteiner neben seiner Beschäftigung als Honorarprofessor an der Universität Wien bis 1953 ehrenamtlich die Leitung des MVK. Seine Haltung während der NS-Zeit galt als politisch indifferent, doch hatte er Zeugenberichten zufolge einer im MVK bestehenden Widerstandsgruppe angehört. 1955 übernahm Etta Becker-Donner nach der interimistischen Leitung durch Leopold Schmidt die Direktion des Museums. 2001 wurde das Museum im Zuge der Ausgliederung der Bundesmuseen Teil des Museumsverbandes Kunsthistorisches Museum Wien mit Museum für Völkerkunde und Österreichisches Theatermuseum. Nach mehrjährigen Umbauarbeiten erfolgte 2007 die Neueröffnung des MVK, 2013 die Umbenennung in Weltmuseum Wien.

Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs hatte es keine Restitutionen seitens des MVK im Sinne der Rückstellungsgesetze gegeben, es war 1947 lediglich zur unbürokratischen Rückgabe der Sammlung von Friedrich Wolff-Knize gekommen, wohl ein Resultat seiner guten Beziehungen zu Becker-Donner. Das Missionshaus St. Gabriel erhielt die Objekte, die während der NS-Zeit im MVK eingelagert, aber nie inventarisiert worden waren, zurück. Zahlreiche im Haus deponiert gewesene Judaica aus dem alten jüdischen Museum in Wien sowie aus Synagogen in Niederösterreich und im Burgenland gingen an die Israelitische Kultusgemeinde Wien als Rechtsnachfolgerin. Erst auf Basis der mit dem Kunstrückgabegesetz 1998 auch im MVK etablierten systematischen NS-Provenienzforschung kam es zu formalen Rückgabebeschlüssen durch den Kunstrückgabebeirat, sie betrafen Objekte aus dem Eigentum von Julius Kien (2001), Stephanie Demeter (2005), Hans Abels (2007), Michael Ottokar und Maria Franziska Popper (2007), Gertrude Marle (2007), Gertrude und Hanns Fischl (2007 und 2009), Otto Braun (2009) und Georg Popper (2009). 2012 erfolgte ein Rückgabebeschluss bezüglich einiger Gegenstände von Wolff-Knize, die 1947 nicht auffindbar gewesen waren. Im Rahmen einer zwischenstaatlichen Vereinbarung konnte zudem eine Sammlung von Stickereien der Krimtataren und Karäer an die Republik Ukraine restituiert werden.