Nach seiner Matura 1903 in Maribor studierte Sebastian Isepp an der Akademie der bildenden Künste bei Rudolf Bacher in Wien. Er war Mitglied der Künstlervereinigungen Hagenbund und Secession und zeigte seine Bilder auch in deren Ausstellungen. Isepp gilt als Begründer des Nötscher Kreises, einer losen Gruppierung von befreundeten Malern, die entweder dort geboren oder nach Nötsch gezogen waren und die wesentlich die österreichische Malerei der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts prägten. Im Ersten Weltkrieg kämpfte Isepp als Soldat im Gebirgsschützenregiment Nr. 1. Seinen Kriegsdienst leistete er größtenteils an der italienischen Front, wo er lebensgefährlich verschüttet wurde. Später sollte dies sein Freund Hugo von Hofmannsthal in Der Schwierige literarisch verarbeiten. Nach Kriegsende war Isepp nicht mehr künstlerisch tätig, sondern er begann 1925 als Restaurator in der Gemäldegalerie des Kunsthistorischen Museums zu arbeiten. Zusammen mit Johannes Wilde gründete er 1930 eines der ersten europäischen Museumslabors zur Untersuchung von Gemälden mit Röntgenstrahlen und anderen Analysemethoden. 1936 wurde Isepp zum Chefrestaurator ernannt. Er galt als Spezialist für italienische Gemälde. Isepp war seit 1925 mit der Sängerin Helene, née Hammerschlag, verheiratet, einer Enkelin des Psychoanalytikers Josef Breuer. Da sie in der NS-Diktion als Jüdin galt, musste Isepp mit seiner Familie im September 1938 nach Großbritannien emigrieren. Bei seiner Flucht konnte er seine Kunstsammlung bestehend aus 18 Gemälden, 21 Zeichnungen, barocken Möbeln und historischen Lauten als Umzugsgut mitnehmen. Der Kunstsammler Antoine Seilern, den Isepp schon seit den 1920er-Jahren kannte und Kenneth Clark, Direktor der National Gallery in London, vermittelten ihm Restaurationsaufträge und so konnte er weiter als Restaurator in öffentlichen und privaten Gemäldesammlungen wie der National Gallery, des Ashmolean Museums in Oxford sowie der privaten Sammlung von König George VI. arbeiten. Kurzzeitig teilte Sebastian Isepp sich in London ein Studio mit dem Maler Oskar Kokoschka, der 1938 von Prag nach London geflüchtet war. Nach 1945 arbeitete Isepp für die Tate Gallery, das Victoria and Albert Museum, die Royal Collection und weitere städtische sowie private Sammlungen in Großbritannien.