1922 habilitierte Viktor Christian an der Philosophischen Fakultät der Universität Wien im Fach "Semitisch mit besonderer Berücksichtigung der Keilinschriften" und wurde 1924 zum außerordentlichen Professor, sechs Jahre später zum ordentlichen Professor für altsemitische Philologie und orientalische Archäologie ernannt. Er gehörte der "Bärenhöhle", einem antisemitischen Professorennetzwerk, an, welches die Berufung und Habilitation jüdischer und/oder politisch links stehender WissenschaftlerInnen an der Universität Wien zu verhindern suchte. Dementsprechend meldete sich Christian bereits 1933 bei der NSDAP als Mitglied an, ohne jedoch eine Mitgliedsnummer zu erhalten. Nachdem er 1934 wegen seiner nationalsozialistischen Betätigung entlassen worden war, konnte er – wohl infolge des Juliabkommens rehabilitiert – ab 1936 wieder als Professor tätig sein. Im Mai 1938 beantragte er erneut die Aufnahme in die NSDAP und erhielt nun die Mitgliedsnummer 6,127.801; ab November war er außerdem Mitglied der allgemeinen SS (1943 SS-Sturmbannführer).
Nach dem "Anschluss" wurde Christian zum Vorstand des Orientalischen Instituts der Universität Wien bestellt und Mitglied der Akademie der Wissenschaften. Zunächst kommissarischer Dekan der Philosophischen Fakultät, wurde er im April 1939 als Dekan bestätigt. 1938 wurde Christian aber auch interimistischer Leiter des Instituts für Völkerkunde und des Instituts für Anthropologie der Universität Wien. Um "jüdisches Skelettmaterial" für anthropologische Forschungen zu erhalten, leitete er 1941 die Exhumierung jüdischer Gräber am Friedhof Wien-Währing ein. Dank seiner Verbindungen in nationalsozialistische Kreise wurde Christian zudem Leiter der Lehr- und Forschungsstelle für den vorderen Orient des SS-Ahnenerbes. Von Juni 1943 bis 1945 war er auch im NS-Altherrenbund als Gauverbandsleiter von Wien tätig. Den Höhepunkt seiner Karriere erreichte Christian kurz vor Kriegsende, als er im April 1945, nach zwei Jahren als Prorektor, zum Rektor der Universität Wien avancierte. Dieses Amt übte er allerdings nur wenige Tage aus. Ab Mitte Mai 1945 (bis Juli 1947) war er in verschiedenen Lagern interniert und wurde im Juni 1945 vom Staatsamt für Volksaufklärung, für Unterricht und Erziehung und Kultusangelegenheiten aufgrund seiner NSDAP-Mitgliedschaft entlassen. Die Dienstenthebung Christians wurde im Rahmen der Amnestiegesetzgebung 1950 in einen Ruhestand mit Bezügen umgewandelt. Nach einer Festschrift zu Ehren seines 70. Geburtstages im Jahr 1955 erhielt Christian 1960 das Goldene Doktordiplom der Universität Wien.
In der NS-Zeit versuchte Viktor Christian nachweislich immer wieder jüdischen EigentümerInnen entzogene Bücher an sein Orientalisches Institut zu bringen. Im Fall des SS-Ahnenerbes war er erfolgreich, in anderen belegten Fällen gelang es ihm nicht. So wollte er etwa die Bibliothek des Albanologen Norbert Jokl (1877–1942) an die Universität Wien bringen zu lassen, hatte aber gegen den Generaldirektor der Nationalbibliothek Paul Heigl (1887–1945) das Nachsehen. Insgesamt übernahm das Orientalische Institut der Universität Wien unter dem Titel "Leihgabe Ahnenerbe" mehr als 8.000 Druckschriften aus den jüdischen Gemeinden des Burgenlandes (Kittsee, St. Peter, Frauenkirchen und Lackenbach), von den Privatpersonen Samuel Krauss (1866–1949) und Ludwig Feuchtwanger (1865–1947) sowie von der "Zentralstelle für jüdische Auswanderung" und dem Völkerkundemuseum Wien. Diese Bestände waren im Zuge der NS-Verfolgung entzogen worden. Nach Kriegsende wurde ein Großteil davon an die IKG Wien übergeben und schließlich nach Israel verschickt.