Emma Pietschmann besuchte das sechsklassige Lyzeum des 1866 gegründeten Wiener Frauenerwerbsvereins. Ihre Reifeprüfung legte sie erst 1914 am humanistischen Gymnasium in Prag ab. Sie erhielt Privatunterricht in Englisch, Französisch, Italienisch und Spanisch sowie eine musikalische Ausbildung u. a. bei dem Komponisten und Musikpädagogen Robert Fuchs. Längere Studienreisen führten Pietschmann nach Griechenland, Frankreich und Ägypten. Während des Ersten Weltkrieges leistete sie medizinische Hilfsdienste bei Hans Spitzy, der das von ihm eingerichtete k. k. Reservespital Nummer 11 (Orthopädisches Spital und Invalidenschule) leitete. 1920 heiratete sie den um zwölf Jahre älteren Wilhelm Schwaighofer. 1921 schloss sie ihr Studium der Kunstgeschichte an der Universität Wien mit einer Dissertation über den Bildhauer Johann Martin Fischer (1740–1820) ab. Im November 1925, kurz nach dem Tod ihres Mannes, begann Schwaighofer im Kunsthistorischen Museum (KHM) zu arbeiten, wo sie mit Inventarisierungs- und Katalogisierungsarbeiten in der Bibliothek, bzw. mit archivarischen Arbeiten im Münzkabinett betraut war. Neben ihrer Tätigkeit im KHM führte Schwaighofer wissenschaftliche und bibliothekarische Arbeiten bei adeligen Familien durch, so war sie für die Familien Mayr-Melnhof und Kinsky tätig. Seit 1930 stand sie zudem im wissenschaftlichen Dienst bei Alphonse Rothschild (1878–1942), ehe nach dem "Anschluss" seine Kunstsammlung beschlagnahmt wurde und er zur Emigration gezwungen war. 1942 übernahm Schwaighofer die Leitung der Bibliothek des Kunsthistorischen Museums. Zwar war sie nie Mitglied der NSDAP, jedoch gehörte sie parteinahen Verbänden und Gliederungen, wie etwa der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt oder der Deutschen Arbeitsfront an. Eine Rolle spielte sie bei den frühen Restitutionen nach Kriegsende und den im Gegenzug für eine Ausfuhrbewilligung eingeforderten Schenkungen, wie etwa im Fall der Kunstsammlung von Alphonse Rothschild. So bat sie der damalige Direktor der Gemäldegalerie Ludwig Baldass um die Liste jener Bilder der Sammlung, die als "Widmung" von Clarice Rothschild weiterhin in der Sammlung bleiben sollten. Ihr Dienstverhältnis endete offiziell am 31. Dezember 1946 – sie war zu diesem Zeitpunkt 67 Jahre alt –, da allerdings ihre Stelle nicht gleich nachbesetzt werden konnte, beantragte der damalige Erste Direktor des Kunsthistorischen Museums August Octavian Loehr ihre Weiterbelassung im Dienst. Mit Ende Dezember 1947 trat sie endgültig in den Ruhestand.