Otto von Fürth war der Sohn des Fabrikbesitzers, Reichsratsabgeordneten und Abgeordneten zum böhmischen Landtag Josef Ritter von Fürth (1822–1892) und Wilhelmine (1832–1904), née Forchheimer. Fürth studierte in Wien, Prag, Heidelberg und Berlin Naturwissenschaften und Medizin und promovierte 1894 am Pharmakologischen Institut der Universität Wien zum Doktor der Medizin. Anschließend arbeitete er von 1894 bis 1896 als Assistent am Pharmakologischen Institut in Prag bei Franz Hofmeister, dem er 1896 als Assistent an das physiologisch-chemische Institut der Universität in Straßburg folgte, wo er sich 1899 im Fach angewandte physiologische Chemie habilitierte. 1900 heiratete er Margarethe Grünbaum, mit der er zwei Kinder – Josef Egon und Wilhelmine Fürth – haben sollte. 1905 kehrte er mit seiner Familie nach Wien zurück und arbeitete als Privatdozent an der Abteilung für physiologische Chemie am Physiologischen Institut der Universität Wien. 1906 erfolgte seine Ernennung zum außerordentlichen Professor für angewandte medizinische Chemie und im Mai 1917 erhielt er zunächst den Titel und Charakter eines ordentlichen Professors verliehen, 1929 wurde er zum ordentlichen Professor und zum Vorstand des medizinisch-chemischen Institutes ernannt. Otto Fürth und seine Familie waren aufgrund ihrer jüdischen Herkunft der NS-Verfolgung ausgesetzt. Nachdem er nach dem "Anschluss" am 18. März 1938 seines Amtes an der Universität Wien enthoben und Ende Mai 1938 zwangsweise in den dauernden Ruhestand versetzt worden war, verstarb Fürth am 7. Juni 1938 in Wien. Sein Sohn Josef Egon Fürth wurde am 16. November 1938 aus einer Sammelwohnung in Wien 2, Herminengasse 32 in das KZ Dachau verschleppt und dort am 15. März 1939 ermordet. Seine Ehefrau Margarethe und seine Tochter Wilhelmine Fürth lebten bis zur ihrer Deportation in einer Sammelwohnung in Wien 2, Herminengasse 16/7 und wurden gemeinsam am 9. Juni 1942 nach Maly Trostinec deportiert und dort am 15. Juni 1942 ermordet.

Von Otto Fürth konnten im Zuge der systematischen Provenienzforschung an der Universitätsbibliothek der Medizinischen Universität Wien im ehemaligen Bibliotheksbestand der I. chirurgischen Klinik 68 Bücher und Separata ermittelt werden, die seine Exlibris, handschriftliche Eigentumsvermerke oder an ihn gerichtete Widmungen enthalten. Zwei Separata waren erst 1937, ein ihm zuordenbares Buch im Jahr 1938 erschienen. Derzeit erfolgt die Suche nach den ErbInnen nach Otto Fürth zur Durchführung der Restitution.