Das 1083 durch Bischof Altmann von Passau gegründete Benediktinerstift Göttweig war bereits kurz nach dem "Anschluss" Österreichs an das Deutsche Reich im März 1938 Repressalien der lokalen NS-Behörden ausgesetzt und mit der Forderung konfrontiert, Grundstücke als Entschädigung an Bauern und Bäuerinnen abzugeben. Die im Stift privat geführte Volksschule wurde aufgrund der Aberkennung des Öffentlichkeitsrechts aufgelöst, das Sängerknabenkonvikt geschlossen. Mit der Ernennung von Krems zur Gauhauptstadt von Niederdonau im Juli 1938 erfolgte die Inkorporation von 16 umliegenden Gemeinden, darunter die Gemeinde Steinaweg mit dem Stift Göttweig. Die Finanzierung des Ausbaus zum neuen Verwaltungszentrum von Niederdonau sollte aus verschiedenen Quellen fließen, eine davon war die Enteignung und Verwertung des Stiftsvermögens von Göttweig. Am 17. Februar 1939 stellte die Stadt Krems im Auftrag des Oberbürgermeisters Franz Retter das Stift unter kommissarische Verwaltung. Die Mönche wurden in der Gestapozentrale im Wiener Hotel Metropol verhört und schließlich im Propsteihof des Stiftes in Unternalb bei Retz unter Hausarrest gestellt. Nach Zustimmung des Reichsministerium des Inneren in Berlin und des Reichskommissars für die Wiedervereinigung Österreichs mit dem Deutschen Reich in Wien Josef Bürckel zog die Stadt Krems mit Bescheid der Gestapo Staatspolizeileitstelle Wien vom 15. August 1939 das gesamte bewegliche und unbewegliche Vermögen sowie alle Rechte und Ansprüche des Stiftes Göttweig ein. Einzig die Frage des Pfarrbesitzes und ihre Trennung vom Stiftsvermögen konnten bis zum Kriegsende hinausgezögert werden. In der Folge stand das Stift leer und ab dem Jahr 1940 bemächtigte sich die Stadt Krems seiner sämtlichen Einrichtungsgegenstände, Sammlungen sowie Kunstobjekte. Bücher, Handschriften, Gemälde, Naturkundesammlungen, die Münzsammlung, das Geschirr und Möbelstücke wurden abtransportiert und wanderten großteils in Depots in der Steiner Minoritenkirche sowie der ehemaligen Kremser Synagoge. Einiges übergab die Kremser Stadtführung dem Dorotheum zur Versteigerung, verkaufte an Private bzw. an den Gau Niederdonau oder verschenkte einzelne Objekte zu Bestechungszwecken. Ab Dezember 1940 diente das Kloster als Auffang- und Durchgangslager für Volksdeutsche aus Bessarabien, der Bukowina und Serbien sowie als Kriegsgefangenenlager. Da dies mit der Zeit für die Stadt Krems eine immer größer werdende finanzielle Belastung darstellte, wurde mit 1. Jänner 1943 das denkmalgeschützte Gebäude der Gesellschaft zur Förderung und Pflege deutscher Kulturdenkmäler im Schenkungsweg übertragen, um eine Nationalpolitische Erziehungsanstalt (Napola-Schule) einzurichten, die bis April 1945 in Betrieb war. Aufgrund der nahenden Kriegsfront bezogen im März 1945 SS-Verbände in Göttweig Stellung, die erst am Morgen des 8. Mai 1945 über die Donau den Rückzug antraten.

Am 15. Mai 1945 suchte der vom Abt Hartmann Strohsacker beauftragte Pater Adalbert Lohmann in Krems um Rückgabe des Stiftes samt dazugehörigem Vermögen an. Schon am 17. Mai 1945, noch bevor eine rechtliche Lösung für die Rückgabe getroffen war, ernannte Karl Suppanz, provisorischer Bürgermeister der Stadt Krems, Pater Lohmann zum provisorischen Verwalter des Stiftes. Das Kloster war von unmittelbaren Kriegsschäden verschont geblieben, jedoch völlig devastiert. Im Oktober 1945 kehrten die letzten Göttweiger Mönche aus Unternalb zurück. Erst nach Inkrafttreten des Dritten Rückstellungsgesetzes im Jänner 1947 konnte das Stift schrittweise seinen beweglichen und unbeweglichen Besitz zurückfordern. Göttweig erlangte bis auf einige Grundstücke in Mautern den Großteil seiner Liegenschaften zurück. Über die entgangenen Erträgnisse wurde noch bis zu einem Vergleich 1954 vor Gericht gestritten. Besonders schwierig gestaltete sich die Rückgabe des beweglichen Vermögens, insbesondere der Möbel und der Kunstsammlungen. Bis 1949 war zwar nach langwieriger Suche der Großteil des Stifts-Mobiliars aus den diversen Depots und Büros in Krems und Stein zurückgeführt, allerdings zog sich das Verfahren aufgrund der Weigerung des Landes Niederösterreich, als Rechtsnachfolgerin des Reichsgaues Niederdonau zu gelten, bis 1954 hin. In diesem Prozess ging es um die Rückgabe von Kunst- und Einrichtungsgegenständen, welche seitens der Stadt Krems der Gauleitung Niederdonau zur Möblierung von Büros und einiger privater Wohnungen überlassen worden waren. Erst mit außergerichtlichem Vergleich vom 21. April 1954 konnte der Streitfall gelöst werden. Dieser beinhaltete neben den entgangenen Erträgnissen auch das noch im niederösterreichischen Landesbesitz befindliche bewegliche Vermögen, wobei in deren Büros und Depots nur mehr wenige Einrichtungs- und Sammlungsgegenstände sichergestellt werden konnten. Die Restitutionsbemühungen des Stiftes blieben daher die folgenden Jahrzehnte aufrecht, sodass es 2019 bis 2022 zu weiteren Naturalrestitutionen seitens der Stadt Krems, dem Land Niederösterreich sowie der Republik Österreich im Bereich der Kunst und Naturkunde kam.