Ernst Egger wurde in Wien als Sohn des Industriellen Bernhard (Bela) Egger (1831–1910) geboren. Er arbeitete einige Zeit in den USA als Bautechniker und übernahm später als Präsident die Vereinigten Glühlampen und Elektrizitäts-Aktiengesellschaft (Tungsram) in Ujpest, Ungarn, die von seinem Vater gegründete Firma. Egger war auch Vizepräsident der N.Ö. Eskomptegesellschaft und ab 1934 Vorstandsmitglied der dieser nachfolgenden Österreichischen Industriekredit AG, Am Hof 2, Wien 1. Im Bund der österreichischen Industriellen führte er den Vorsitz im Verband der Gaswerke und im Fachverband der Elektrizitäts-, Gas- und Wasserwerke hatte er eine Vorstandsfunktion inne. Sein Bruder Adolf Egger (1874–1964) gründete 1907 in Wien die Fiat Werke Aktiengesellschaft. Egger war von 1933 bis zumindest 1936 Mitglied der Leitung des Vereins zur Förderung des Technischen Museums Wien. Von der Mitgliederliste des Fördervereins wurde er 1938 mit der Anmerkung "Jude" gestrichen. Das im Technischen Museum beheimatete Österreichische Forschungsinstitut für Technikgeschichte sollte im Auftrag und gegen Bezahlung von Ernst Egger eine Biografie über seinen Vater verfassen. Nach dem "Anschluss" stellte das Institut aber auf Grund der jüdischen Herkunft Bela Eggers die Arbeiten an der Biografie ein. Dessen Leiter, Ludwig Erhard, gab Egger den Rat "dieses Lebensbild als eine Art Familienchronik" selbst herauszugeben. Obwohl evangelisch getauft, verfolgte das NS-Regime Ernst Egger als Jude nach den Nürnberger Gesetzen. Bis Mai 1944 war er in seiner Wohnung in der Mommsengasse 25 in Wien 4 gemeldet. Am 28. Juni 1944 erfolgte seine Deportation ins Ghetto Theresienstadt, wo er am 9. Dezember 1944 ums Leben kam. Seine Frau Fanny, née Egger, verstarb nach ihrer Verhaftung im Juni 1944 im Gefangenenhaus auf der Rossauerlände 7–9. Auch die beiden Töchter des Ehepaars wurden deportiert: während Elisabeth Ilka Egger nach ihrer Deportation in Auschwitz ermordet wurde, überlebte ihre Schwester Marianne das Ghetto Theresienstadt.

Ernst Egger hatte dem Technischen Museum Wien schon vor 1938 Objekte gewidmet, und auch nach dem "Anschluss" setzte sich die Tradition fort. So schenkte er dem Museum im Herbst 1938 eine Edison-Röhre, vier Glasplattennegative und eine Tischwaage, wobei nur letztere bisher im Depot im Zuge der Generalinventur des Museums gefunden werden konnte. 2006 beschloss der Kunstrückgabebeirat die Restitution der Briefwaage an die ErbInnen.