Der Begriff Kunstmuseum Linz bezeichnet kein real existierendes Museum, sondern ein Museumsaufbauprojekt im Kontext nationalsozialistischer Kunstpolitik. Es ist auch unter den Bezeichnungen Linzer Führermuseum, Führermuseum, Gemäldegalerie Linz oder – in Bezugnahme auf den dahinterstehenden Auftrag – als Sonderauftrag Linz bekannt. Dem zugrunde lag Adolf Hitlers Absicht, ein neues Kunstmuseum von überregionaler Bedeutung in seiner "Heimatstadt" Linz an der Donau zu errichten. Die ersten Aktivitäten zur Konkretisierung des Vorhabens lassen sich auf das Jahr 1938 datieren. Wenige Wochen nach dem "Anschluss" Österreichs, im April 1938, besuchte Adolf Hitler das Oberösterreichische Landesmuseum in Linz und diskutierte mit dessen Direktor Theodor Kerschner seine Museumspläne für die Stadt. Im Mai verbrachte er eine Woche in Italien, wo er zahlreiche Kunstmuseen, darunter die Uffizien in Florenz, besichtigte. Die Pläne für die Errichtung einer eigenen Gemäldegalerie in Linz dürften sich in diesen Wochen konkretisiert haben. Im Juni 1938 sicherte sich Hitler durch einen inoffiziellen Erlass, den sogenannten "Führervorbehalt", die Entscheidungshoheit über die in Wien seit dem März 1938 beschlagnahmten Kunst- und Vermögensgegenstände und damit auch das Zugriffsrecht im Sinne seines eigenen Museumsvorhabens. Der Aufbau des Linzer Kunstmuseums war somit untrennbar mit den Beschlagnahme-, Sicherstellungs- und Enteignungsmaßnahmen politisch und rassisch verfolgter Personen verbunden. Zunächst war es noch der Berliner Kunsthändler Karl Haberstock, der als Kunstberater Adolf Hitlers basierend auf dem "Führervorbehalt" Verteilungspläne für die in der Wiener Hofburg im sogenannten Zentraldepot für beschlagnahmte Sammlungen untergebrachten Kunstwerke erarbeiten sollte. Im Juni 1939 setzte Hitler schließlich den Kunsthistoriker und Museumsdirektor Hans Posse aus Dresden als Sonderbeauftragten für Linz ein. Dieser sollte aus "beschlagnahmte[m] Besitz, alte[m] Bestand, Neuerwerbungen" das "beste aus allen Zeiten" für ein neues Museum in Linz zusammenstellen, wie Posse in seinem Tagebuch den Auftrag beschrieb. Kunsthistorisch betrachtet weitete sich mit der Bestellung des erfahrenen Museumsfachmanns Hans Posses das Linzer Projekt zu einem professionellen Unternehmen aus. Das neue Kunstmuseum sollte eine Abteilung für Alte Meister und eine für die Kunst des 19. Jahrhunderts beinhalten. Zeitgenössische nationalsozialistische Kunst, wie sie in den Großen Deutschen Kunstausstellungen präsentiert wurde, war nicht vorgesehen. 1940 legte Posse ein erstes Bestandsinventar vor. Von den darin angeführten 324 Gemälden stammten 174 – und damit der überwiegende Teil – aus dem Zentraldepot für beschlagnahmte Sammlungen in Wien. Der Grundstock des neuen Museums setzte sich zusammen aus Gemälden der Sammlungen Alphonse Rothschild, Louis Rothschild, Oscar Bondy, Felix Haas, Rudolf Gutmann, Alfons Thorsch, David Goldmann und Felix Kornfeld. Das Inventar wie auch die in Wien angefertigte Verteilungsliste (neben dem Kunstmuseum Linz sollten auch die Wiener Museen sowie die Landesmuseen Zuteilungen aus den beschlagnahmten Sammlungen erhalten) wurden von Posse thematisch gegliedert – bei den Gemälden finden sich die Kategorien Deutsche, Alte Niederländer, Vlamen, Holländer, Engländer, Italiener, reichend vom 15. bis in das 19. Jahrhundert. Mit fast unbegrenzten finanziellen Ressourcen, auch Devisen, konnte Posse den Linzer Bestand mit Erwerbungen im Kunsthandel kontinuierlich ausbauen sowie im Kriegsverlauf auf enteignete Bestände in den besetzten/eroberten Gebieten zurückgreifen. Nach Posses Tod im Dezember 1942 und einer interimistischen Leitung durch Posses Stellvertreter Gottfried Reimer übernahm 1943 der Kunsthistoriker und Museumsdirektor Hermann Voss die Leitung des Sonderauftrag Linz. Im Unterschied zu seinem Vorgänger Posse standen ihm nicht mehr im gleichen Ausmaß "Raubkunst"-Bestände zur Verfügung, aber auch unter den von Voss getätigten Erwerbungen befanden sich zahlreiche Werke, die ursprünglich von NS-Verfolgten stammten. Die Frage, welche der im Kontext des Sonderauftrags erworbenen Kunstwerke einst tatsächlich in der Linzer Gemäldegalerie gezeigt werden sollten und welche Objekte eine andere Verwendung finden würden, wurde während der späten Jahre unter Voss immer unklarer, weswegen es unmöglich ist, einen exakten Bestand des Kunstmuseum Linz zu nennen. Einen guten Eindruck in das geplante Design des Museums geben die erhaltenen Alben, in denen Hans Posse und später Hermann Voss Fotografien der jeweiligen Neuanschaffungen zusammenstellen ließen. Die ledergebundenen Bände wurden Adolf Hitler zwischen 1940 und 1944 zu besonderen Anlässen wie Weihnachten und Geburtstagen überreicht und können als Katalog des Linzer Führermuseums betrachtet werden. Sie beinhalten etwa 1.300 Objekte. Neben der Gemäldegalerie (für deren Ausstattung auch Skulpturen vorgesehen waren) befanden sich weitere Abteilungen für das Museum in Aufbau, unter anderem Grafik und Kunsthandwerk (von Posse und Voss mitbetreut), sowie eine Waffen- und eine Münzsammlung. Der Direktor des Kunsthistorischen Museums in Wien Fritz Dworschak war ab 1942 mit der Zusammenstellung einer Münzsammlung und der Waffenexperte des Kunsthistorischen Museums Leopold Ruprecht ab 1943 mit der Einrichtung einer Waffensammlung für Linz betraut. Parallel dazu war im Rahmen des Sonderauftrags auch eine Bibliothek für Linz geplant, die Zuständigkeit für dieses weitgehend eigenständige Projekt lag bei dem Germanisten und Bibliothekar Friedrich Wolffhardt. Das Linzer Kunstmuseum hätte im Bereich des für Linz neu geplanten Kulturzentrums (zwischen dem Linzer Volksgarten und dem Bahnhof) gemeinsam mit der Bibliothek sowie einem Opern- und einem Konzerthaus errichtet werden sollen. Pläne und Modelle der Architekten Roderich Fick und Hermann Giesler lagen vor, zur Umsetzung kam es nicht. Die Kunstwerke, die für das Museum vorgesehen waren, wurden kriegsbedingt in verschiedenen Depots gelagert: zunächst im Führerbau in München, ab 1941 im Reichskunstdepot in Kremsmünster und schließlich im Bergwerksstollen von Altaussee.

Das Kunstmuseum Linz war somit nie ein Museum und befand sich auch nicht in Linz. Vielmehr benennt seine Titulierung einen Bestand von Kunstobjekten unterschiedlicher Herkunft, die an verschiedenen Orten und in wechselnden Depots untergebracht waren, aber durch eine gemeinsame Zielbestimmung als zusammengehörig definiert wurden. Dies vermochte die zeitgenössische und spätere Rezeption oftmals zu blenden und den Blick auf die Realität dieses Projekts zu verstellen. Bis heute verwirrt der Begriff des Kunstmuseums Linz und nach wie vor ist die Provenienzforschung damit beschäftigt, die Herkunft jener Kunstwerke des Sonderauftrags Linz nachzuvollziehen, die trotz Identifizierungs- und Restitutionsbemühungen nach 1945 nicht an ihre EigentümerInnen zurückgestellt wurden, sondern in österreichische, deutsche oder andere Museen gelangt sind.