Am 13. September 1939 wies die für das staatliche Kunstwesen zuständige Abteilung III der Reichsstatthalterei in Wien dem Ministerium für innere und kulturelle Angelegenheiten, Abteilung IV (Erziehung, Kultus und Volksbildung) die ehemalige Kartause Gaming für Bergungszwecke zu. Die rechtliche Grundlage für die Nutzung der im Eigentum des Stiftes Melk stehenden Liegenschaft mit Kirche, Refektoriums-, Herrschafts- und Wirtschaftstrakt sowie Bibliotheksgebäude, Garten und Park bildete das am 27. Juli 1938 erlassene Gesetz über die Unterbringung von öffentlichen Dienststellen, das eine Heranziehung von bebauten und unbebauten Grundstücken im Bedarfsfall erlaubte. De facto war Gaming jedoch schon zwei Wochen vor der Zuweisung zum Bergungsdepot geworden: Am 31. August 1939 um 6 Uhr morgens waren 28 Kisten mit den bedeutendsten Gemälden des Kunsthistorischen Museums in Wien (darunter alle Bilder Pieter Bruegels des Älteren) dorthin verbracht worden. Es folgten zahlreiche weitere Transporte. Unter dem Decknamen "Schloss" sollte Gaming in den folgenden Jahren einer der wichtigsten Bergungsorte für die staatlichen Museen außerhalb Wiens sein. Temporär gelagert wurden dort Kunstgegenstände aus verschiedenen Sammlungen des Kunsthistorischen Museums (Ägyptisch-orientalische Sammlung, Antikensammlung, Münzkabinett, Sammlung alter Musikinstrumente, Plastiksammlung, Schatzkammer), der Albertina (bis 1940), dem Staatlichen Kunstgewerbemuseum in Wien, der Liechtensteingalerie, dem Museum für Völkerkunde und der Österreichischen Galerie. Auch die Städtischen Sammlungen Wien sowie das Post- und Telegraphenmuseum Wien brachten Bergungsgut nach Gaming. Zutritt zu den gemeinsam verwalteten Bergungsorten "Jagd" (Steinbach bei Göstling) und "Schloss" hatten seit September 1939 neben den Sammlungsleitern und Kuratoren des Kunsthistorischen Museums Fritz Dworschak, Rudolf Noll, Hans Demel, Gert Adriani, Ludwig Baldass, Richard Nadler und Karl Ortner auch Wissenschaftler aus anderen Museen: aus dem Staatlichen Kunstgewerbemuseum Direktor Richard Ernst und Kurator Siegfried Troll, aus der Österreichischen Galerie Direktor Bruno Grimschitz sowie die Kuratoren Kurt Blauensteiner und Fritz Novotny, aus der Albertina Direktor Anton Reichel und Kurator Georg Saiko. Das weitere Personal vor Ort bestand ausschließlich aus MitarbeiterInnen des Kunsthistorischen Museums: ständig in Gaming waren die beiden Restauratoren Wilhelm Kainz und Eduard Kneisel, die Kanzleikräfte Anna Schöpf und Josefine Berger sowie einige Wachmänner und Reinigungsfrauen. Auch die örtlichen Bürgermeister, zwei niederösterreichische Landes- und zwei Forstbeamte hatten die Erlaubnis, die im Klostergebäude und in der Kirche situierten Depots zu betreten. Räumlich abgegrenzt davon wurde 1940 eine landwirtschaftliche Mädchenschule im Straßen- und Verbindungstrakt der ehemaligen Kartause eingerichtet, hinzu kamen Wohnräume und ein Kindergarten. Im Kriegsverlauf reduzierte sich das ständig anwesende Bergungspersonal, im September 1944 sollte der Bergungsort schließlich geräumt werden, weil vermehrte Luftangriffe auf das nur 2 km entfernte Eisenwerk in Kienberg und den von der Wehrmacht geplanten Parkplatz für Verpflegungswagen der Luftwaffe im Park von Gaming befürchtet wurden. Wegen fehlender Kapazitäten kam es allerdings nur zu "einer Umbergung alles Wichtigen", hauptsächlich an verschiedene Bergungsorte in Wien. Im Jänner 1945 musste ein Keller an die Rüstungsinspektion XVII für ein Forschungslaboratorium abgetreten werden. Die Einrichtung eines Lazaretts sowie von Flüchtlingsunterkünften beanspruchte in den letzten Kriegswochen weitere Räume. Die Bergungstätigkeit in Gaming blieb bis zum Kriegsende – ohne Bombentreffer zu erleiden – aufrecht: noch im April 1945 fanden Gemäldetransporte von dort ins Salzbergwerk Lauffen statt, die Kanzlei der Bergungsstelle arbeitete bis 5. Mai 1945.
Am 23. Mai 1945 erreichten Truppen der Roten Armee Gaming. Mit Hilfe der sowjetischen Militärregierung begann die Rückbringung der Museumsobjekte nach Wien bereits im August 1945 und war bis September 1945 weitgehend abgeschlossen. Ein Restbestand aus dem Kunstgewerbemuseum, den Städtischen Sammlungen sowie einigen privaten Sammlungen verblieb noch bis 1946 in der Klosterkirche. Nur wenige Möbelstücke aus dem Bergungsgut waren abhanden gekommen.