Nach dem Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Wien absolvierte Karl Ecker eine Bühnenausbildung an der k. k. Akademie für Musik und darstellende Kunst sowie Privatunterricht bei den Burgschauspielern Ernst Arndt und Hans Siebert. Er wirkte zunächst als Dramaturg und Schauspieler, 1913–1917 auch als Regisseur am Deutschen Schauspielhaus in Hamburg unter Max Grube, 1919/1920 an den Vereinigten Deutschen Theatern in Brünn / Brno unter Rudolf Beer sowie 1920–1922 an der Wanderbühne des Österreichischen Volksbildungsamtes unter Friedrich Rosenthal, bis er 1922 an die Wiener Urania kam, wo er unter anderem Leiter der Präsidialkanzlei, fallweise auch Stellvertreter des künstlerischen Leiters war. Nachdem er aufgrund finanzieller Engpässe in seinem Wirkungskreis eingeschränkt, 1934 von dort ausgeschieden war, trat Ecker 1936 als wissenschaftlicher Mitarbeiter in die Dienste der Theatersammlung der Nationalbibliothek. War er zunächst vor allem bei Ausstellungen, wie der im selben Jahr gezeigten Internationalen Ausstellung für Theaterkunst, sowie in der Bibliothek aktiv, so standen während der NS-Zeit, in der er Mitglied der Betriebs-SA der Nationalbibliothek war, die umfangreichen Bergungsarbeiten sowie die ihm 1940 übertragene Führung der administrativen Betriebsluftschutzagenden im Fokus seiner Tätigkeit. Damit in Zusammenhang stand auch die UK-Stellung 1942. Eckers Dienstverhältnis als Vertragsbediensteter der Nationalbibliothek endete im März 1950.